Parafia została erygowana w 1997 roku decyzją biskupa włocławskiego Bronisława Dembowskiego. Jej patronką została Matka Boża Fatimska, co było owocem peregrynacji Figury Matki Bożej Fatimskiej w diecezji włocławskiej. Wezwanie nowo utworzonej włocławskiej parafii nawiązywało do silnego kultu maryjnego oraz przesłania objawień fatimskich – modlitwy, nawrócenia i pokoju. Parafię powierzono Zgromadzeniu Braci Pocieszycieli z Getsemani, którzy od początku podjęli się budowania życia religijnego i wspólnotowego.

 

Początkowo młoda wspólnota parafialna modliła się, przystępowała do sakramentów oraz organizowała życie parafii w drewnianej kaplicy, która tymczasowo pełniła funkcję kościoła. Od pierwszych lat działalności parafia rozwijała nie tylko tradyjne duszpasterstwo, lecz także pielęgnowała pamięć o męczeństwie błogosławionego Jerzy Popiełuszko. To właśnie pobliska zapora wodna, położona około 500 metrów od kościoła, jest miejscem szczególnie związanym z jego ostatnią drogą i tragiczną śmiercią. Z biegiem lat świątynia stała się miejscem modlitwy za Ojczyznę oraz przestrzenią pamięci o ofiarach komunizmu. W 2004 roku rozpoczęła się budowa dzisiejszej świątyni oraz całego kompleksu parafialnego. Wielkość inwestycji jaką jest wznoszenie nowego kościoła, kompleksu parafialnego oraz wysokiej na 45 metrów wieży widokowej sprawiła, że budowa bardzo opóźniła się w czasie.

 

Przełomowym momentem był rok 2011, kiedy kościół parafialny został podniesiony do rangi Sanktuarium Męczeństwa bł. ks. Jerzego Popiełuszki. Od tego czasu zaczęli przybywać pielgrzymi z różnych części Polski, aby modlić się i oddawać cześć błogosławionemu kapłanowi. Sanktuarium stało się ważnym punktem na religijnej mapie diecezji włocławskiej.

Na przestrzeni lat parafia rozwijała działalność duszpasterską: powstały wspólnoty rodzinne, grupy młodzieżowe, koła różańcowe, inicjatywy charytatywne oraz przedsięwzięcia patriotyczne. Szczególne miejsce zajmują procesje fatimskie organizowane ulicami poszczególnych części parafii, odprawiane każdego 13. dnia miesiąca od maja do października. Nawiązują one do objawień z 1917 roku i stanowią ważny element życia religijnego wspólnoty.

Mówiąc o parafii „przy Tamie”, należy wspomnieć również o czwartkowej wieczornej Adoracji Pana Jezusa w Getsemani, będącej nawiązaniem do charyzmatu pracujących w tym miejscu Braci Pocieszycieli. Warto także podkreślić, że odbywa się tutaj najdłuższa w diecezji włocławskiej procesja Bożego Ciała, licząca aż 13 kilometrów.

 

Dziś parafia Matki Bożej Fatimskiej we Włocławku jest nie tylko miejscem codziennej modlitwy mieszkańców, lecz także symbolem pamięci, wiary i związku historii miasta z postacią bł. ks. Jerzego Popiełuszki. Łączy w sobie kult maryjny, duchowość fatimską oraz pamięć o ważnych wydarzeniach współczesnej historii Polski.